| Mercredi 22 & Mardi 28 juillet 1998 |
| GERMINAL EKEREN (BEL) - FC Sarajevo (BOS) | 4-1 0-0 |
| US Luxembourg (LUX) - IFK GÖTEBORG (SUE) | 0-3 0-4 |
| Mercredi 22 & 29 juillet 1998 |
| FC ARGES-DACIA PITESTI (ROU) - Dynamo Bakou (AZE) | 5-1 2-0 |
| Belchina Bobruisk (BIE) - CSKA SOFIA (BUL) | 0-0 1-3 |
| OMONIA NICOSIE (CHY) - Linfield FC (ILN) | 5-1 3-5 |
| CHAKHTIOR DONETSK (UKR) - Birkirkara FC (MAL) | 2-1 4-0 |
| FC Kolkheti Poti (GEO) - ETOILE ROUGE BELGRADE (YOU) | 0-4 0-7 |
| INTER BRATISLAVA (SLQ) - SK Tirana (ALB) | 2-0 2-0 |
| Sadam Tallinn (EST) - POLOGNA VARSOVIE (POL) | 0-2 1-3 |
| HB Torshavn (FER) - VAASA PS (FIN) | 2-0 0-4 |
| Zeljeznicar Sarajevo (BOS) - FC KILMARNOCK (ECO) | 1-1 0-1 |
| FC MURA MURSKA SOBOTA (SLV) - FC Daugava Riga (LET) | 6-1 2-1 |
| IA Akranes (ISL) - JALGUIRIS VILNIUS (LIT) | 3-2 0-1 |
| HAPOËL TEL-AVIV (ISR) - FinnPa Helsinki (FIN) | 3-1 3-1 |
| FC Chirak Goumri (ARM) - MALMÖ FF (SUE) | 0-2 0-5 |
| Shelbourne FC (EIRE) - GLASGOW RANGERS (ECO) | 3-5 0-2 |
| OTELUL GALATI (ROU) - Sloga Jugomagnat Skopje (MAC) | 3-0 1-1 |
| FERENCVAROS BUDAPEST (HON) - FC Principat (AND) | 6-0 8-1 |
| FC Tiligul Tiraspol (MOL) - RSC ANDERLECHT (BEL) | 0-1 0-5 |
| Newtown AFC (GAL) - WISLA CRACOVIE (POL) | 0-0 0-7 |
| Mardi 11 & 25 août 1998 |
| ETOILE ROUGE BELGRADE (YOU) - Rotor Volgograd (RUS) | 2-1 2-1 |
| Ferencvaros Budapest (HON) - AEK ATHÈNES (GRE) | 4-2 0-4 |
| Germinal Ekeren (BEL) - SERVETTE GENÈVE (SUI) | 1-4 2-1 |
| Molde FK (NOR) - CSKA SOFIA (BUL) | 0-0 0-2 |
| IFK Göteborg (SUE) - FENERBAHÇE ISTANBUL (TUR) | 2-1 0-1 |
| FC Mura Murska Sobota (SLV) - SILKEBORG IF (DAN) | 0-0 0-2 |
| GLASGOW RANGERS (ECO) - PAOK Salonique (GRE) | 2-0 0-0 |
| SLAVIA PRAGUE (RT) - Inter Bratislava (SLQ) | 4-0 0-2 |
| BRANN BERGEN (NOR) - Jalguiris Vilnius (LIT) | 1-0 0-0 |
| WISLA CRACOVIE (POL) - Trabzonspor (TUR) | 5-1 2-1 |
| VEJLE BK (DAN) - Otelul Galati (ROU) | 3-0 3-0 |
| Hapoël Tel-Aviv (ISR) - STROMSGODSET (NOR) | 1-0 0-1 (2-5 tab) |
| NK Osijek (CRO) - RSC ANDERLECHT (BEL) | 3-1 0-2 |
| Omonia Nicosie (CHY) - RAPID VIENNE (AUT) | 3-1 0-2 |
| Vaasa PS (FIN) - GRAZ AK (AUT) | 0-0 0-3 |
| Pologna Varsovie (POL) - DYNAMO MOSCOU (RUS) | 0-1 0-1 |
| HAJDUK SPLIT (CRO) - Malmö FF (SUE) | 1-1 2-1 |
| SIGMA OLOMOUC (RT) - FC Kilmarnock (ECO) | 2-0 2-0 |
| Mardi 11 & Jeudi 27 août 1998 |
| FC ARGES-DACIA PITESTI (ROU) - Istanbulspor (TUR) | 2-0 2-4 |
| Jeudi 13 & Mardi 25 août 1998 |
| FC ZURICH (SUI) - Chakhtior Donetsk (UKR) | 4-0 2-3 |
| Mardi 15 & 29 septembre 1998 |
| ETOILE ROUGE BELGRADE (YOU) - FC Metz (FRA) | 2-1 1-2 (4-3 tab) |
| LKS Lodz (POL) - AS MONACO (FRA) | 1-3 0-0 |
| Sigma Olomouc (RT) - OLYMPIQUE MARSEILLE (FRA) | 2-2 0-4 |
| GIRONDINS BORDEAUX (FRA) - Rapid Vienne (AUT) | 1-1 2-1 |
| Blackburn Rovers (ANG) - OLYMPIQUE LYONNAIS (FRA) | 0-1 2-2 |
| Sparta Prague (RT) - REAL SOCIEDAD (ESP) | 2-4 0-1 |
| Fenerbahçe Istanbul (TUR) - PARME AC (ITA) | 1-0 1-3 |
| DYNAMO MOSCOU (RUS) - Skonto Riga (LET) | 2-2 3-2 |
| Vitoria Guimaraes (POR) - CELTIC GLASGOW (ECO) | 1-2 1-2 |
| VfB STUTTGART (ALL) - Feyenoord Rotterdam (PB) | 1-3 3-0 |
| FC Arges-Dacia Pitesti (ROU) - CELTA VIGO (ESP) | 0-1 0-7 |
| Silkeborg IF (DAN) - AS ROME (ITA) | 0-2 0-1 |
| Litex Lovetch (BUL) - GRAZ AK (AUT) | 1-1 0-2 |
| FIORENTINA (ITA) - Hajduk Split (CRO) | 2-1 0-0 |
| ASTON VILLA (ANG) - Stromsgodset (NOR) | 3-2 3-0 |
| Schalke 04 Gelsenkirchen (ALL) - SLAVIA PRAGUE (RT) | 1-0 0-1 (4-5 tab) |
| Servette Genève (SUI) - CSKA SOFIA (BUL) | 2-1 0-1 |
| FC Kosice (SLQ) - LIVERPOOL FC (ANG) | 0-3 0-5 |
| Sporting Lisbonne (POR) - BOLOGNE (ITA) | 0-2 1-2 |
| Maribor Teatanic (SLV) - WISLA CRACOVIE (POL) | 0-2 0-3 |
| Vejle BK (DAN) - BETIS SÉVILLE (ESP) | 1-0 0-5 |
| ATLETICO MADRID (ESP) - FC Obilic Belgrade (YOU) | 2-0 1-0 |
| LEEDS UNITED (ANG) - Maritimo Funchal (POR) | 1-0 0-1 (4-1 tab) |
| Udinese (ITA) - BAYER LEVERKUSEN (ALL) | 1-1 0-1 |
| Steaua Bucarest (ROU) - FC VALENCE (ESP) | 3-4 0-3 |
| WILLEM II TILBURG (PB) - Dynamo Tbilissi (GEO) | 3-0 3-0 |
| FC ZURICH (SUI) - Anorthosis Famagouste (CHY) | 4-0 3-2 |
| Ujpest Dosza Budapest TE (HON) - FC BRUGES (BEL) | 0-5 2-2 |
| VITESSE ARNHEM (PB) - AEK Athènes (GRE) | 3-0 3-3 |
| Brann Bergen (NOR) - WERDER BRÊME (ALL) | 2-0 0-4 ap |
| Mardi 15 septembre & Jeudi 1er octobre 1998 |
| Betar Jerusalem (ISR) - GLASGOW RANGERS (ECO) | 1-1 2-4 |
| Mercrdi 16 & mardi 29 septembre 1998 |
| RSC Anderlecht (BEL) - GRASSHOPPER ZURICH (SUI) | 0-2 0-0 |
| Mardi 20 octobre & 3 novembre 1998 |
| Etoile Rouge Belgrade - OLYMPIQUE LYONNAIS | 1-2 2-3 |
| Graz AK - AS MONACO | 3-3 0-4 |
| Werder Brême - OLYMPIQUE MARSEILLE | 1-1 2-3 |
| Vitesse Arnhem - GIRONDINS BORDEAUX | 0-1 1-2 |
| Wisla Cracovie - PARME AC | 1-1 1-2 |
| LIVERPOOL FC - FC Valence | 0-0 2-2 |
| Dynamo Moscou - REAL SOCIEDAD | 2-3 0-3 |
| VfB Stuttgart - FC BRUGES | 1-1 2-3 |
| Willem II Tilburg - BETIS SÉVILLE | 1-1 0-3 |
| GRASSHOPPER ZURICH - Fiorentina | 0-2 3-0* |
| CELTA VIGO - Aston Villa | 0-1 3-1 |
| Celtic Glasgow - FC ZURICH | 1-1 2-4 |
| BOLOGNE - Slavia Prague | 2-1 2-0 |
| CSKA Sofia - ATLETICO MADRID | 2-4 0-1 |
| AS ROME - Leeds United | 1-0 0-0 |
| Jeudi 22 octobre & 5 novembre 1998 |
| Bayer Leverkusen - GLASGOW RANGERS | 1-2 1-1 |
